As companhias aéreas oferecem muito frequentemente melhores preços aos agentes e isto certamente inclui agentes online.
Plus alguns agentes irão baixar as suas margens de lucro e vender mais barato do que o preço recomendado que a companhia aérea irá usar para vender directamente. Os agentes apenas pela Internet têm despesas gerais mais baixas do que os agentes da loja, pelo que podem potencialmente oferecer descontos maiores.
Algumas companhias aéreas podem reservar algumas ofertas especiais para vender apenas directamente, mas eu não posso confirmar isto de qualquer das formas.
Mas os websites têm muitas vezes despesas adicionais de reserva para além do preço do bilhete, pelo que pode ir para os dois lados!
A maioria dos sites que eu usei não dá o preço total incluindo taxas e impostos até que você passe pelo processo de reserva.
A maioria dos agentes online que eu usei que comparam os preços de muitas companhias aéreas (ressalva: eu só fiz isso na Austrália) não incluem de fato todas as companhias aéreas. (Estou atualmente em uma viagem com a Korean Air que não estava listada no maior site de comparação da Austrália, Webjet, e era várias centenas de dólares mais barato do que qualquer coisa que listaram).
Meu conselho se você realmente quer encontrar o melhor preço é tentar vários sites de comparação e vários sites de companhias aéreas diretamente e ir direto pelo processo de reserva parando antes de processar seu cartão de crédito ou assim que o site informar o verdadeiro preço total.
Escreva cada um dos melhores preços e depois leve-os a qualquer agente que se ofereça para bater qualquer preço. (Eu economizei quase $50 a mais no meu vôo aéreo coreano desta maneira)