tl;dr: Não é possível
Geralmente as locadoras americanas não têm opção de selecionar o tipo de transmissão, pois não oferecem nada além de automática.
Os únicos carros em locadoras populares teriam qualquer chance de ter transmissão manual, seriam carros esportivos de alto nível. E mesmo assim, essa chance é pequena para nenhuma. Por exemplo, na Hertz você tem “coleção de adrenalina” com carros como Mustang GT Premium ou Corvette Stingray e eles ainda apenas têm opção de transmissão automática. Têm até carros desportivos europeus como BMW M5 ou Porsche Cayman, também só automáticos.
A única forma de obter um aluguer com manual, seria utilizar um dos alugueres peer-to-peer e escolher a categoria “carros exóticos” ou semelhante. Mas mesmo com estes não tenho visto muita oferta de transmissão manual (praticamente nenhuma).