Muitas vezes pode ser difícil saber com antecedência para alguns países se requerem ou não seis meses de validade, portanto a opção mais segura é sempre garantir que seu passaporte seja renovado bem antes desse período de seis meses.
Felizmente, para o Japão, há uma resposta bastante autorizada sobre isso:
_alguns países asiáticos requerem 6 meses de validade de passaporte para que eu possa entrar. O passaporte deve permanecer válido durante o período de permanência, mas não há um período mínimo de validade exigido.
(da página FAQ do Consulado-Geral do Japão, Melbourne )
Note que isto se aplica à entrada, não necessariamente a um pedido de visto (como observado por @TheWanderingCoder nos comentários). Se você precisar de um visto, é provável que a validade de seis meses ainda seja aplicável a este (por exemplo, Visto de Estudante Pré-College, Visto de Estudante Universitário, Visto de Trabalho de Férias, Visto de Trabalho, etc.).