A resposta simples é: depende! Cada companhia aérea, e mesmo às vezes cada aeroporto, terá regras diferentes sobre o que é e o que não é permitido.
Como regra geral, a maioria das companhias aéreas NÃO irá verificar automaticamente a sua bagagem para uma ligação nocturna. Normalmente, você precisará recolher sua bagagem quando aterrissar, e verificá-la novamente na manhã seguinte. Isso normalmente é uma coisa boa, pois permite que você tenha acesso à sua bagagem para sua pernoite.
No entanto, isso não é verdade para todas as companhias aéreas - algumas irão despachar sua bagagem, especialmente para curtas pernoites (por exemplo, chegar às 23:30h, sair às 5:30h).
A única maneira de saber exatamente o que eles vão fazer é perguntar à companhia aérea, e mesmo assim você pode descobrir que quando você chegar ao aeroporto eles vão fazer algo diferente de qualquer maneira!
Se você quiser ter acesso à sua bagagem no ponto de parada, então basicamente todas as companhias aéreas vão honrar tal pedido no check-in. Isso é chamado de “verificação rápida” e, embora nem todas as companhias aéreas façam isso em um sentido geral, todas elas devem fazer uma parada noturna.
Se você quiser que elas guardem sua bagagem durante a noite, então pode ser um pouco mais de luta. Algumas companhias aéreas, e mesmo alguns aeroportos, têm políticas que simplesmente não o farão - portanto, enquanto você pode pedir, esteja pronto para uma recusa. A única vez que você pode convencê-los a fazer isto onde eles recusam é se você não for capaz de passar pelo controlo de passaportes no país de ligação (por exemplo, você não tem um visto), neste caso você não será capaz de recolher a sua bagagem - neste caso eles podem estar mais dispostos a verificá-la até ao fim, no entanto eu não apostaria que isto seja sempre bem sucedido.